Для обновления версии программы распаковываем скачаный архив с программой и заменяем файлы AGNotifier и AutoGRAPH, находящиеся в папке с установленной программой (C:\Program Files\AutoGRAPH), файлами из архива.
Для оповещения программой о выходе новой версии нужно в "Параметрах" 
, на вкладке "Оповещения" поставить галочку "Мастер проверки обновлений".